Отдел бухгалтерии клинико-диагностического центра Международного Казахско-Турецкого университета имени Х. А. Ясави обеспечивает формирование полной и достоверной информации о бухгалтерской и финансовой деятельности учреждения, учет использования материальных и финансовых ресурсов, предотвращение отрицательных результатов хозяйственной деятельности, осуществляет и выполняет нормативно-правовые документы и бухгалтерскую учетную политику клиники в соответствии с законом РК «О бухгалтерском учете и финансовой отчетности».
Отделение обеспечивает своевременную оплату и использование материальных, трудовых и денежных ресурсов, наличие обязательств, соответствующих одобренным нормам, нормативам и сметам. Также отделение контролирует эффективное использование материальных, трудовых и денежных ресурсов, наличие всех нужных имущества учреждения. Обеспечивает правильное точное вычисление выплат, налогов и т.д. Контролирует введение расчетов, возникающие в процессе исполнения планов развития учреждения. Отделение (вместе с другими отделениями и их сотрудниками) осуществляет экономический анализ по бухгалтерским и отчетным данным учреждения, финансовым услугам учреждения в целях предотвращения затрат резерва внутренней экономики и непроизводительных затрат.
Одним из важных задач отделения является своевременная подача отчетов за год и накопительные периоды об Осуществлении планов развития в Министерство здравоохранения и социального развития Казахстана и в другие органы. Работники отделения бухгалтерии постоянно повышают свой профессиональный уровень, участвуя в семинарах, выезжая на курсы повышения квалификации.